Theo Mục 511, một tổ chức 501 (c) phải chịu thuế đối với " thu nhập kinh doanh không liên quan " của mình, cho dù tổ chức đó có thực sự kiếm được lợi nhuận hay không, nhưng không bao gồm bán hàng hóa được quyên tặng hoặc kinh doanh hoặc thương mại khác do tình nguyện viên thực hiện, hoặc nhất định trò chơi bingo.[9] Việc xử lý hàng hóa được tặng trị giá trên 2.500 đô la hoặc chấp nhận hàng hóa trị giá trên 5.000 đô la cũng có thể kích hoạt các yêu cầu lưu trữ và lưu trữ hồ sơ đặc biệt.

Miễn thuế không tha một tổ chức từ việc duy trì hồ sơ phù hợp và nộp bất kỳ hàng năm hoặc chuyên dùng cần khai thuế, ví dụ, 26 U.S.C. § 6033 và 26 U.S.C. § 6050L. Trước năm 2008, lợi nhuận hàng năm thường không được yêu cầu từ một tổ chức được miễn trừ tích lũy dưới 25.000 đô la thu nhập gộp hàng năm.[10] Kể từ năm 2008, hầu hết các tổ chức có tổng doanh thu hàng năm dưới 50.000 đô la phải nộp tờ khai thông tin hàng năm được gọi là Mẫu 990-N.[11] [lower-alpha 7] Mẫu 990-N phải được gửi bằng điện tử bằng cách sử dụng nhà cung cấp tệp điện tử IRS được ủy quyền. Mẫu 990, Mẫu 990-EZ và Mẫu 990-PF có thể được nộp bằng thư hoặc điện tử thông qua nhà cung cấp tệp điện tử được ủy quyền.

Việc không nộp các khoản hoàn trả bắt buộc, chẳng hạn như Mẫu 990 (Trả lại thuế miễn thuế cho tổ chức) có thể bị phạt tới 250.000 đô la mỗi năm. Miễn trừ hoặc các tổ chức chính trị, ngoại trừ nhà thờ hoặc các tổ chức tôn giáo tương tự, phải thực hiện trả lại, báo cáo, thông báo và các ứng dụng miễn trừ để kiểm tra công khai. Mẫu 990 của tổ chức (hoặc tương tự như hồ sơ công khai như Mẫu 990-EZ hoặc Mẫu 990-PF) có sẵn để kiểm tra công khai và sao chụp tại các văn phòng của tổ chức được miễn, thông qua một yêu cầu bằng văn bản và thanh toán cho các bản sao qua thư từ được miễn tổ chức, hoặc thông qua Mẫu 4506-A yêu cầu "Yêu cầu thanh tra công khai hoặc sao chép hoặc Tổ chức chính trị Mẫu IRS" gửi tới IRS trong ba năm thuế vừa qua. Mẫu 4506-A cũng cho phép kiểm tra công khai hoặc sao chép quyền truy cập vào Mẫu 1023 "Đơn xin công nhận miễn trừ" hoặc Mẫu 1024, Mẫu 8871 "Thông báo về tổ chức chính trị của tình trạng mục 527" và Mẫu 8872 "Báo cáo đóng góp và chi tiêu của tổ chức chính trị". Truy cập Internet vào 990 của nhiều tổ chức và một số hình thức khác có sẵn thông qua GuideStar. [lower-alpha 8] Một số tổ chức nhất định được miễn nộp Mẫu 990, chẳng hạn như nhà thờ, phụ trợ tích hợp của họ, và các công ước hoặc hiệp hội của các nhà thờ; các hoạt động tôn giáo độc quyền của bất kỳ trật tự tôn giáo; và các tổ chức tôn giáo; và hầu hết các tổ chức có tổng doanh thu hàng năm dưới 5.000 đô la.[14] Không nộp hồ sơ trả lại kịp thời như vậy và cung cấp thông tin cụ thể khác cho công chúng cũng bị cấm.[15][16]

Từ năm 2010 đến 2017, IRS đã thu hồi trạng thái phi lợi nhuận của hơn 760.000 tổ chức phi lợi nhuận vì đã không nộp được mẫu đơn 990.[17]